Γεννήθηκε στις 6 Φεβρουαρίου 1970 στον Αΐμονα.

Τα πρώτα μουσικά ακούσματά του τα πήρε από τον πατέρα του Γεώργιο Κοντογιάννη (Ράφτη), ο οποίος έπαιζε λαούτο. Στην ηλικία των 13 ετών φοιτούσε και έμενε στο οικοτροφείο του Γυμνασίου των Ανωγείων. Ξεκίνησε να παίζει πιάνο και το 1984 διαγωνίσθηκε σε διαγωνισμό μουσικής που είχε βιντεοσκοπηθεί από την ΕΡΤ. Στην ηλικία των 17, όταν επέστρεψε στον Αΐμονα άρχισε να παίζει μαντολίνο και λύρα αλλά τελικά τον κέρδισε ο ήχος του λαούτου. Έπαιζε στο σπίτι με τον πατέρα του και ξεκίνησε να παίζει επαγγελματικά στα 18 του χρόνια.

Το πρώτο του γλέντι ήταν με το ξάδερφό του Μανόλη Φλουρή (Χαρκιαδομανόλης) από το χωριό Δροσιά (Γενί – Γκαβέ). Αργότερα έπαιξε με το νονό του Μιχάλη Σαμόλη, το Νεκτάριο Σαμόλη και όλους τους χωριανούς. Την ίδια εποχή έπαιξε στο παραδοσιακό χωριό «Αρόλιθος» και με το Γιώργο Μαρή από τις Αλόιδες και για μία σεζόν με τον Πάρη Περισυνάκη . Πριν ακόμα πάει φαντάρος ο Νεκτάριος είχε παίξει με το Γιώργο Καλομοίρη, τον Θανάση Σκορδαλό και τον Κώστα Μουντάκη (στο χωριό Δοξαρό). Εξέτισε τη στρατιωτική του θητεία μαζί με το Στράτο Γουνάκη με τον οποίο έπαιζαν μαζί.

Όταν απολύθηκε έπαιξε για τέσσερις σεζόν στο Κρητικό κέντρο «Ζορμπάς» στην Αθήνα με τον Νικό Σωπασή. Το ίδιο διάστημα έπαιξε και με πολλούς άλλους καλλιτέχνες στο ίδιο κέντρο. Κάποιοι από αυτούς είναι: Νεκτάριος Κλωστράκης, Νίκος Μανιάς, Μανόλης Κακλής, Τασούλα, Νεκτάριος Σαμόλης, Γιώργος Σηφογιωργάκης. Μανόλης Κονταρός . Για ένα διάστημα μάλιστα έπαιξε με τον Λεωνίδα Κλάδο.

Από το 1997  συνεργάζεται με τον Ψαραντώνη και παίζει σε εκδηλώσεις και φεστιβάλ στην Ελλάδα αλλά και στο εξωτερικό. Το ίδιο διάστημα έχει παίξει και με τους Γιώργο Ξυλούρη (Καντρής), Γιάννη Σωπασή, Νικηφόρο Αεράκη και Γιώργο Βάμβουκα (Φλασκή) από τα Λιβάδια. Ο Νεκτάριος Κοντογιάννης συμμετέχει και σε δισκογραφικές δουλείες του Ψαραντώνη, Γιώργο Ξυλούρη (Καντρή), Γιώργου Σταυρακάκη, Γιάννη Λουλάκη (μαντολινάρη) και Παντελή Σαλούστρου.

Δείτε βίντεο του Νεκτάρου Κοντογιάννη